她與真嗣的「母子關係」，其實早就有暗示了

【動漫雜談】關於綾波麗：

可能現在多數觀眾都知道綾波麗是真嗣母親碇唯的克隆體了，當初在看到基地底層那一大堆綾波麗的時候，可真是被震撼到了，甚至忽略了之前埋下的一些伏筆。

TV版第九話，明日香正式入隊，與碇真嗣合作去對戰擁有雙核心的音樂天使。只有同時擊破兩個核心，才能徹底打敗這個使徒，然而真嗣和明日香的初次配合很失敗。軍方動用了N2炸彈，勉強為打敗使徒爭取了一周時間，在這一周內，真嗣要跟明日香建立起默契，為此開始了特訓。

因為兩人老是配合不好，所以葛城美裡讓綾波麗給明日香做個示範，沒想到綾波麗跟碇真嗣的配合竟然天衣無縫。本以為這段情節只是想讓明日香吃癟，殺殺她的傲氣，但現在看才發現，原來這裡也是個關鍵伏筆啊。

在沒有提前訓練的前提下，第一次一起跳舞就能達到同步，這明顯不尋常啊。直到最後揭示出綾波麗是碇真嗣母親的克隆之後，才讓這一段顯得有些道理。畢竟母子連心啊，其實兩人的聯繫、以及綾波麗的身份，在這一集就暗示了。

雖然很少露面，但碇唯在《EVA》中起著至關重要的作用。在初號機的啟動試驗中被同化，靈魂留在了初號機中。碇司令通過殘留的LCL將她克隆成綾波麗，也是一個長遠的計劃。

綾波麗成為了莉莉絲靈魂的容器，她代表著莉莉絲的意志，並在長久的相處中與碇源渡搞好了關係。碇源渡本來計劃培養出一個對自己完全服從的綾波麗，藉此來控制莉莉絲的靈魂，當莉莉絲帶著亞當回歸本體之後，碇源渡本人將成為凌駕於神以上的存在。

這個計劃本來是沒有任何問題的，如果不是真嗣突然出現的話，綾波麗也不會在最後關頭背叛碇源渡，選擇遵從真嗣的想法。其實碇源渡所做的這一切，歸根到底還是為了重新見到碇唯，雖然是一片熱心，但到最後還是沒有敵過母親對兒子的愛。

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